運営

日本豆腐協会は日本の豆腐業界を代表する大手企業が加盟する団体であって、公正取引委員会に事業者団体の届けをされた任意団体である。

総会

最高決議機関、年１回通常総会開催、事業報告、決算承認、役員改選事業計画、予算案等を審議する。

理事会

理事、監事は２年ごとに選出、理事の中から会長、副会長、専務理事を選出する。

会の運営は理事会に委ねられており、円滑な事業運営を実行するために3委員会（経営安定委員会、技術委員会、PR委員会）、『充填きぬごし豆腐』の自主規格の格付検査を行うため の検査機関、豆腐消費拡大PR事業を推進するための日本豆腐PRセンターを設けている。また、その時代に生じた豆腐業界に関連する諸問題を検討、研究する4特別部会を設置している。